Первая после жесточайших гонений божественная Литургия в Бутырской тюрьме (СИЗО-2 города Москвы) была Пасхальной. Её совершил Светлую среду (27 апреля 1992 года) известный церковный писатель, профессор, доктор геологических наук протоиерей Глеб Каледа.
Он начал возрождение Покровского Бутырского храма, труды по восстановлению которого заняли 25 лет. Дело в том, что храм, построенный в 1782 году Михаилом Казаковым, был обезображен.
Сломан крест, снесён купол. Оставшийся объём храма был разбит на три этажа и обстроен помещениями, в которых устроили камеры. С участием тогдашнего начальника Бутырки Геннадия Орешкина, отец Глеб начал служить на третьем этаже здания, бывшего некогда храмом, и продолжал служение до своей кончины в 1994 году. Его преемником стал протоиерей Николай Матвиенко, настоятель храма «Всех скорбящих радости» на Ордынке.
Он священнодействовал в Бутырке 10 лет. Вторым священником был отец Михаил Михайлов, бывший затем настоятелем храма святителя Николая в Соломенной сторожке. В Покровском тюремном храме служили протоиерей Иоанн Разиньков, протоиерей Владимир Жаворонков и другие клирики. В 1997 г. храм был залит водой и разобран. Однако был создан проект восстановления (архитектор-реставратор Сергей Васильевич Демидов). В 2003 году старшим священником был назначен протоиерей Иоанн Власов, и с ним к служению в СИЗО-2 приступили ещё 9 новых священников. На Покров 2004 года была отслужена первая божественная Литургия на первом этаже. В сентябре 2005 старшим священником благословили быть протоиерея Константина Кобелева, богослужения стали совершаться каждую неделю.
Над входом в храм была установлена мозаичная икона Покрова Пресвятой Богородицы (автор –Григорий Владиславович Виноградов). Было устроено опорное кольцо для свода – на чердаке, под крышей здания.
Только в 2010 – 2011 годах перекрытия были сломаны, был сложен свод.
Над крышей был установлен небольшой купол, повторяющий форму и размеры первоначального (проект и исполнение купола: ООО «Архитектурно-реставрационная Мастерская Аркада-НТ», директор –Владимир Александрович Белавкин). 13 апреля 2011, за 2 недели до Пасхи, над храмом был установлен крест.
Приступили к созданию проекта росписи, который был выполнен Максимом Мироновым. Первоначальный проект иконостаса сделал Даниил Марченко с участием Петра Шарганова. В 2016 году эти проекты были доработаны, храм был расписан (артель церковной живописи «Византия» г.Владимира, художественный руководитель Дмитрий Фокеев).
Установка иконостаса была завершена 15-го апреля 2017 года. Таким образом, возрождение храма, начатое на Пасху 1992, было закончено на Пасху 2017.
Через Бутырскую тюрьму прошло 218 святых, канонизированных Русской Православной Церковью. Для 70-ти из них написаны иконы, их лики украшают ныне и стены храма. Роспись храма уникальна, такого не сыщешь и на воле, ибо украшают храм изображения тех, кто находился здесь и отсюда был направлен на разстрел в Бутово (100 мучеников), на Север, на Соловки, был связан с Новороссией либо отбывал заключение в Казахстане. Таким образом на стенах храма развернулась карта Российской империи, ставшей местом величайшей духовной победы над грехом и самой смертью, победы, которую утвердил Христос Спаситель Своим славным воскресением.
Икона Божией Матери «Неупиваемая Чаша» является одной из главных святынь храма. Она была написана в ноябре 2005 года специально для Бутырской тюрьмы художником-реставратором 1-й категории Владимиром Артемьевым – главным иконописцем Серпуховского Владычного монастыря, в котором находится чудотворный первообраз (оригинал) данной иконы.
Икона была встречена 14 декабря 2005 года и торжественно внесена в храм начальником учреждения полковником внутренней службы Николаем Федоровичем Дмитриевым и старшим священником протоиереем Константином Кобелевым и с тех пор регулярно участвует в крестных ходах, каждую службу в храме перед ней читается молитва.
18 мая 2017 года также планируется крестный ход с этой иконой.